San Juan del Sur tem um clima tropical agradável o ano todo, com temperaturas entre 26°C e 32°C. No entanto, algumas épocas são mais propícias dependendo das suas preferências e atividades planejadas.
A temporada seca, de novembro a abril, é o período ideal para uma estadia balneária. As chuvas são raras, o céu geralmente limpo e os alísios trazem uma brisa refrescante. Essa época coincide com a alta temporada turística, garantindo uma atmosfera animada, mas também preços mais altos.
A temporada chuvosa, de maio a outubro, também tem suas vantagens. As chuvas, geralmente curtas e no final da tarde, refrescam o ar. A vegetação atinge o auge, oferecendo paisagens de um verde vibrante. Os preços são mais acessíveis e a frequência de visitantes é menor.
Para os apaixonados por surf, os meses de março a setembro oferecem as melhores condições, com ondas mais consistentes. Os amantes da observação de fauna marinha devem preferir julho a novembro para avistar baleias e golfinhos.